Beberapa bulan setelah Indonesia merdeka tepatnya 3 Januari 1946, pemerintah Indonesia pada masa pemerintahan Presiden Soekarno membentuk Kementerian Agama yang disiarkan melalui RRI, dengan Menteri Agama pertama yaitu Prof. Doktor Haji Rosyidi.
Kabupaten Purworejo sebagai salah satu wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI), maka harus mempresentasikan dan mengaplikasikan apa yang menjadi tatanan nilai NKRI. Dalam hal kehidupan beragama adalah suatu keniscayaan dan tidak bisa ditawar- tawar kembali diperlukan adanya satuan kerja yang membidangi dan mengatur kehidupan beragama.
Tahun 1834 Kabupaten Purworejo, pada masa pemerintahan Bupati Raden Kanjeng Tumenggung Cokro Negoro I dengan patih Raden Patih Cokro Joyo, telah tercemin adanya pengaturan dalam bidang keagamaan meskipun belum menyeluruh; misalnya untuk urusan pernikahan telah ditangani oleh seorang penghulu yang waktu itu dijabat oleh K. Baedowi dan urusan percerain ditangani oleh penghulu landrad yang dijabat oleh K.H. Muhammad. Pelakasanaan akad nikah diselenggarakan di serambi masjid, Penghulu atau Naib mencatat peristiwa nikah dengan tulisan arab pegon berbahasa Jawa. Dokumen peristiwa nikah ini masih terarsip dengan baik di Kantor KUA Purworejo 1 yang menyebut angka tertua tahun 1830. Pencatatan nikah itu berlangsung terus menerus atas nama Raja hingga saat ini yang dicatat atas nama pemerintah.
Dengan terbentuknya Kementrian Agama di tingkat pusat pada tahun 1946, maka Kabupaten Purworejo pun didirikan kantor-kantor dinas guna mengurusi dan mengatur tata kehidupan keagamaan, yang pada akhirnya merupakan cikal bakal atau embrio terbentuknya Kementerian Agama Kabupaten Purworejo. Dinas- dinas yang mengurusi dan mengatur tata kehidupan keagamaan itu yaitu :
1. Kantor Dinas Pendidikan Agama dengan kepala R. Karto Sudirjo (menjabat 1953), lokasi kantor di Guron kelurahan Purworejo menyewa rumah dr. Waluyo. Tahun 1954 kepala diganti oleh Yuso Kusumo , kemudian diganti lagi oleh R. Sugeng, diganti lagi oleh M. Solichun sampai beberapa tahun. Tahun 1966 kantor dipindah ke komplek masjid agung Darul Muttaqin , dengan kepala saat itu dijabat oleh Bapak Aris dengan staf sebanyak 11 orang. Setelah beberapa tahun kepala diganti oleh Bapak Suparlan. Kemudian tahun 1970 kepala diganti oleh Bapak Surowo.
2. Kantor Dinas Urusan Agama Islam dengan kepala pertama dijabat oleh R.K. Dayat (1954), kantor berlokasi di komplek masjid Agung Darul Muttaqien Purworejo. Secara berurutan tahun 1954 dijabat oleh Wan Dahlan, kemudian pada tahun 1955 dijabat oleh Muh. Ridwan. Setelah Muh. Ridwan mutasi ke Kanwil Semarang, kepala Kantor Dinas Urusan Agama Islam dijabat oleh Bapak Damanhuri (1955 -1967). Pada tahun 1967-1971 kepala dijabat oleh Bapak Asnawi Umar, kemudian kepala digantikan lagi oleh Bapak Arba’in Machmud (1971-1984).
3. Kantor Dinas Pengadilan Agama, dengan kepala Bapak raden Ja’far dan diganti oleh Bapak Muchtar. Namun pada akhirnya Dinas Pengadilan Agama berdisi secara otonom dan terpisah dari Kementerian Agama, yaitu sekitar tahun 1984 semasa kepemimpinan Bapak Bashiran Yusuf.
4. Dinas Penerangan Agama Islam dengan kepala Raden Darmo, kemudian estafet kepemimpinannya pejabat yang menggantikannya adalah Bapak Arba’in Mahmud dan selanjutnya diganti Bapak Maftuh.
Beberapa dinas tersebut di reorganisasi pada tahun 1967 menjadi Perwakilan Kementerian Agama pada masa kepemimpinan Bapak Damanhuri, hingga pada akhirnya Dinas Pengadilan Agama berdiri secara otonom pada tahun 1984. Pada saat itu Kepala KUA (Kantor Urusan Agama) sekaligus merangkap sebagai kepala Perwakilan Kementerian Agama Kabupaten Purworejo. Kantor Dinas Urusan Agama Islam inilah yang secara umum diasumsikan dan juga dipresentasikan sebagai Kementerian Agama di tingkat Kabupaten. Maka dalam sekilas sejarah Kementerian Agama Kabupaten Purworejo, tertera nama Kepala pejabat Kantor Kementerian Agama Kabupaten Purworejo Moch Ridwan (1955), padahal Perwakilan Kementerian Agama Kabupaten Purworejo baru terbentuk pada masa akhir jabatan Kepala Kantor Dinas Urusan Agama Islam di jabat oleh Bapak Damanhuri. Pada awal terbentuknya Perwakilan Kementerian Agama Kabupaten Purworejo, perubahan Dinas setelah reorganisasi, sebagai berikut :
1. Dinas Pendidikan Agama pada akhirnya sekarang menjadi MAPENDA.
2. Dinas Urusan Agama Islam sekarang menjadi Seksi URAIS (Urusan Agama Islam) yang mengkoordinir atau mengurusi Kantor Urusan Agama di tingkat Kecamatan.
3. Dinas Pengadillan Agama sekarang menjadi Pengadilan Agama (PA)
4. Dinas Penerangan Agama Islam sekarang menjadi PENAMAS ( Pendidikan Agama Pada Masyarakat Dan Pemberdayaan Masjid).
Setelah adanya reorganisasi menjadi Perwakilan Kementerian Agama pada tahun 1984, Kantor- Kantor Dinas Keagamaan semuanya berada dalam satu komplek Masjid Darrul Muttaqin Purworejo. Pada tahun 1984 kantor Kementerian Agama dipindah dari komplek Masjid Darrul Muttaqin ke gedung baru Jalan Tegalsari no. 10, dengan alasan agar tanah milik umat atau tanah BKM, yaitu komplek Masjid Darrul Muttaqin Purworejo bisa dimanfaatkan dan digunakan dengan maksimal sesuai dengan proporsinya oleh umat Islam secara umum. Adapun Kantor milik Negara supaya menempati tanah Negara. Pada tahun itulah kegiatan Kantor Kementerian Agama dilaksanakan dikantor yang baru, kecuali kantor KUA Purworejo 1 sampai sekarang tetap dikompleks Masjid Daarul Muttaqin, karena kegiatan kenaiban selalu berkaitan dengan kegiatan di Masjid. Adapun perubahan Perwakilan Kementerian Agama menjadi Kementerian Agama yang berada di tingkat Kabupaten belum ditemukan data yang otentik dan valid.
Kemudian secara berurutan dapat diketahui bahwa kepala Kantor Kementerian Agama Purworejo dipegang oleh :
1. KH. Moch Ridwan (1955)
2. KHR. Damanhuri (1955 -1967)
3. KH. Asnawi Umar (1967 – 1971)
4. Drs. H. Arba’in Mahmud (1971 – 1984)
5. Drs. H. Suripto (1984 – 1990)
6. Drs. H. Suratman ( 1990 – 1996)
7. Drs. H. Abu Dawud Kholiq (1996 – 1998)
8. Drs. H. Hasyim Afandi (PLt kepala ) (1998 )
9. Drs. H. Fahrur (1998 – 2003)
10. Drs. H. Chamim MS, M.Ag (2003 – 2007)
11. Drs. H.Khozin Sukardi, M.Ag (2007 – 2011)
11. Drs. H.Nurudin, M.Pd.I (2011 – 2018)
13. Drs. H. Bambang Sucipto, M.Pd.I (2018-2020)
14. H. Fatchur Rochman, M.Pd.I (2021-Sekarang)
